Linkuddens naturreservat inrättades genom beslut av Länsstyrelsen i Stockholms län den 13 augusti 1969 och kommunen utsågs till förvaltare av reservatet. Ett nytt beslut fattades av Länsstyrelsen den 12 september 1994 då reglerna för vistelse i naturreservatet ändrades. Området omfattar cirka 20 hektar varav cirka 15 hektar är landarea. Reservatets syfte är att bevara ett område med säregen, vacker natur och av stor betydelse för allmänhetens friluftsliv.

Området är tillgängligt för besök från landsidan, men kan även nås av båtburna gäster. I söder och öster finns badvänliga klippstränder.

Gammalt odlingslandskap

Områdets huvudsakliga naturvärden är förknippade med mindre områden med hagmark och strandängar. Området utgör ett exempel på det gamla odlingslandskapet på Blidö. De idag öppna betade delarna av reservatet var enligt 1904 års häradskarta hårdvallsäng. Enligt uppgift har slåttern pågått ända in på 1940-1950-talet.

Hällmarksområden och öppen mark

Linkudden består av en halvö. Hällmarksterräng med huvudsakligen tallskog dominerar i området. Reservatets östra och västra delar består av två stora hällmarksområden. Mellan dessa två bergsryggar växer blandskog med hög lövandel på friskare mark. I den södra delen övergår blandskogen i en mera öppen mark ut mot strandängen.

Stränderna i söder och öster domineras av slipade klipphällar. I reservatets norra del ligger en öppen hagmark, som fortsätter utanför reservatet i norr. Djurlivet är rikt med talrika spår av rådjur. Fågellivet är även det rikt med bland annat häckande sjöfågel.

Bevara de öppna markerna

Linkuddens strandängar och ängsmarker och hagmarker har botaniska värden. Det övergripande målet med reservatets skötsel är att bevara de öppna markerna i god hävd genom bete och kompletterande skötsel, till exempel slåtter och röjning av sly, så att den hävdberoende floran kan bevaras och utvecklas. Bland de hävdgynnade kärlväxterna i området kan nämnas rosettjungfrulin, darrgräs, vildlin, Adam och Eva, solvända, ormrot, älväxing, svartkämpar, liten blåklocka, bockrot och småborre.