Riksintresseområdena utgörs av fjärdar, sjöar, ängs- och hagmarker, våtmarker och skogar samt stora delar av skärgården.

Hela ytterskärgården, Norrtäljeviken, Väddö kanal och viken in till Hallstavik utgör även riksintresse för rörligt friluftsliv och högexploaterad kust (kap 4 miljöbalken). Skärgården intar en särställning i friluftslivshänseende. Värdet för friluftslivet ligger i de höga naturvärdena, orördheten samt den goda tillgången på naturhamnar. Riksintressenas västra gräns preciserades i fördjupning av översiktsplanen för skärgården, antagen 2005. Denna precisering har överförts till förslaget till ny översiktsplan. Läs mer om kommunens förhållningssätt till riksintressena i kapitlet Riksintressen.

Inom kommunen finns också över 100 Natura 2000-områden som är skyddade enligt art- och habitatdirektivet eller fågeldirektivet (miljöbalken kap 4).