I kommunen finns flera andra typer av naturskydd som behöver tas i beaktning. Flera av dessa omfattas av förbud och tillståndskrav. Exempelvis artskydd, naturminne, vattenskyddsområde, djur- och växtskyddsområde med tillträdesförbud, skogligt biotopskyddsområde, generellt biotopskyddsområde, naturvårdsavtal, marina skyddade områden (MPA) och Ramsar-områden (våtmarkskonventionen). De skydd som redovisas i översiktsplanen är de förhållanden som kommunen bedömer är av väsentlig betydelse.

Särskilt utpekade arter som ska skyddas (inklusive svenska fridlysta arter) behandlas i Artskyddsförordningen (SFS 2007:845). Förordningen omfattar stora delar av bestämmelserna i EU:s fågeldirektiv och habitatdirektiv. Svenska och internationellt hotade arter enligt kraven i EU:s habitatdirektiv finns listade i bilaga 1 till förordningen. Svenska arter som har fridlysts av Naturvårdsverket och länsstyrelserna finns listade i bilaga 2. Förordning om fisket, förordningen om vattenbruket och fiskerinäringen, jaktförordningen och miljöbalkens 7 och 8 kap. innehåller också regler till skydd av växter och djur.

Naturminne är en gammal form av naturskydd och skyddar ofta enstaka objekt som till exempel gamla träd eller flyttblock. Vattenskyddsområde är skydd av området på och runt grundvattentäkter, viktiga för dricksvattenförsörjningen. Djur-och växtskyddsområden är områden skyddade med tillträdesförbud under vissa delar av året för att skydda vissa arters fortplantning, i Norrtälje kommun gäller det fåglar och sälar. Skogligt biotopskyddsområde skyddar särskilt värdefulla skogsområden. Generellt biotopskyddsområde skyddar en rad olika biotoper i landskapet som alléer, diken, småvatten, våtmarker, odlingsrösen, stenmurar, källor med våtmark och åkerholmar som ligger i anslutning till jordbruksmark. Naturvårdsavtal är ett tidsatt avtal mellan skogsägare och Skogsstyrelsen för naturvårdsfrämjande skötsel i skog. Marina skyddade områden (MPA) är avsatt av den internationella Helsingforskonventionen som syftar till att skydda Östersjöns marina miljö. Ramsar-områden är miljöer utpekade av den globala Ramsarkonventionen som handlar om att bevara våtmarker och vattenmiljöer och använda dem på ett hållbart sätt.