I Norrtälje kommun finns det cirka 300 sjöar. Vattennivåerna sänktes i nästan 90 % av sjöarna mellan 1880-talet och 1920-talet genom att sjöarnas utloppströskel sänktes och vattendrag rätades ut.

En stor del av kommunens sjöar och vattendrag är näringsrika med höga halter av fosfor och kväve. Det beror dels på omgivande jordarter, dels på mänsklig påverkan i form av dikning, sänkning av vattennivåer och avlopp. Jordarterna i kommunen domineras av kalkrik morän och olika typer av lera. I de lägre delarna i landskapet finns näringsrik lera och genom dessa områden rinner vattensystemens nedre lopp innan de når havet.

Sjöarna i kommunen har generellt höga pH-värden och hög buffringsförmåga, då försurande ämnen neutraliseras av den kalkrika marken. Det kalkrika vattnet ger också förutsättning för kalkkrävande vattenorganismer som kransalger. Kommunen har flera kransalgssjöar med sällsynta arter. Kransalgsjöarna är viktiga värdekärnor i kommunen. Erken är en kransalgssjö, det vill säga en kalkrik sjö med relativt näringsfattigt och klart vatten och en vegetation som domineras av kransalger. I hänsynskartorna finns länkar till VISS där vattenmiljöernas status redovisas.  

Naturliga strandzoner är viktiga för den biologiska mångfalden men också för ekosystemtjänster som vattenrening och flödesutjämning vid skyfall och lokal temperaturreglering. Naturliga strandzoner rymmer träd och buskar i olika åldrar, död ved och överhängande grenar över vattnet samt en zon som kan översvämmas vid olika höga flöden.

I kommunen finns flera större vattendrag som kopplar samman sjöarna och havet med varandra. Kustmynnande vattendragen är särskilt viktiga värdekärnor då dessa bland annat är viktiga för fiskars reproduktion.